Yuka Ishimaru er født i Niigata, Japan. I 2007 tog hun afsluttende eksamen ved Tokyo Universitet efter at have modtaget orgelundervisning af Tsuguo Hirono og Rie Hiroe samt cembaloundervisning af Naoya Otsuka og Masaaki Suzuki. I løbet af sin studietid fik hun tildelt Ataka-prisen, og ved sin dimission modtog hun både Acanthus og DOSEIKAI musikpris. I 2007 studerede Yuka Ishimaru desuden hos Hatsumi Miura og færdiggjorde Yokohama Minato Mirai Hall organistprogrammet.

I 2008 blev Yuka Ishimaru optaget i solistklassen ved Det Kongelige Danske Musikkonservatorium med Hans Fagius som lærer. Sideløbende studerede hun cembalo hos Joel Speerstra ved Göteborg Universitet. I denne periode vandt hun legater fra Carl Nielsen Fonden og Skandinavien-Japan Sasakawa Fonden.

I 2010 vandt Yuka Ishimaru Grand prix og Dand & Polly Bales Pris ved den 22. Internationale Orgelkonkurrence Grand prix de Chartres. I 2011 har hun desuden påbegyndt en koncertturné i Europa og USA.

Derudover fortætter hun sine orgelstudier hos Ludger Lohmann på Staatliche Hochschule für Musik und Darstellende Kunst Stuttgart via den japanske regerings oversøiske studieprogram for kunstnere.

Yuka Ishimaru er medlem af den japanske organistforening og Japans Orgelselskab.