I Danmark er der en lang tradition for et naturligt og vigtigt samarbejde alle konservatorierne imellem. Men derudover er der som noget nyt indgået en særlig samarbejdsaftale med Rytmisk Musikkonservatorium i København om et forpligtende samarbejde ”med henblik på at styrke kvaliteten af konservatoriernes uddannelser for tilsammen fortsat at kunne udbyde og udvikle eliteuddannelser på højt internationalt niveau inden for den samlede vifte af klassiske og rytmiske uddannelser”.

Af væsentlig betydning er også et mere tværgående samarbejde med de øvrige uddannelsesinstitutioner under Kulturministeriet indenfor KUR (Kulturministeriets rektorer), ligesom konservatoriet samarbejder med flere af de danske universiteter, bl.a. inden for Dansk Netværk for Musikpædagogisk Forskning (DNMpF).

En særlig plads indtager samarbejdet med Det Kgl. Teater om driften af Operaakademiet, og her indgår en årlig samproduktion i januar måned. Desuden samarbejder konservatoriet med DR og landets symfoniorkestre, kor og ensembler – i særdeleshed med Sjællands Symfoniorkester/Copenhagen Phil, som har vinterresidens i Konservatoriets Koncertsal, og som konservatoriet har indgået en særlig leje- og samarbejdsaftale med. Ud over dette har konservatoriet vigtige regionale samarbejdsrelationer med musikskoler og MGK’ere, bl.a. som del af konservatoriets junior-strategi.

DKDM samarbejder også med Wonderful Copenhagen og Tivoli samt kultur- og musikfestivaler som Golden Days og Nordiske Musikdage. Endelig planlægger konservatoriet selv festivaler (som eksempelvis Copenhagen International Organ Festival 2009, Chopin-festen samt PULSAR og debut-festival 2010), hvori også andre aktører i regionen medvirker.